明朝成立前，早在1356年，朱元璋就在应天府设立江南行中书省。
武十一年正月改南京为京师，永乐十九年正月改南京，洪熙元年三月仍为京师，正统六年十二月改南京。
明代南京县级辖区，多沿用元末县，直辖的政区在洪武年间变动了多少，嘉靖二十一年后，南京有府十四、直隶州四、行省十七、县九十七。
応天府
丙申年三月改元江浙行省集庆路为应天府，同年七月将应天府定为江南行中书省治。
洪武元年八月，明朝在应天府建都，称南京。
府现在在江苏省南京市。
鳳陽府
吴元年在元安丰路濠州建立，洪武六年九月改称中立府，七年八月改称凤阳府。
初治安徽凤阳县东北，临淮关，洪武于8年10月迁今凤阳县府城镇。
淮安府
丙午年四月，朱元璋攻占淮安，将河南江北行省淮安路改元淮安府。 府治现在江苏淮安市。
揚州府
1357年，朱元璋将原扬州路改为淮海府，1361年12月改为维扬府，丙午年正月改为扬州府。
府治今在江苏扬州。
蘇州府
吴元年9月，江浙行省平江路改元苏州府、隶江南行省、后隶南南京。
府治现在在江苏苏州市。
松江府
元代松江府，明吴元年还设府，府隶属江南行省、后隶南京。
府治现在位于上海市松江区。
常州府
太祖丁酉年三月原常州路名改为长春府，同月已改丑又常州府，府治今江苏常州市。
鎮江府
原镇江路，丙申年三月亥改为江淮府，十二月丙午改为镇江府。
府现在在江苏省镇江市。
廬州府
1364年改元河南省江北行省庐州路为庐州府，府治今安徽合肥市。
安慶府
原安庆路，辛丑年8月改为宁江府，壬寅年4月癸不改安庆府。
府治现在在安徽省安庆市。
太平府
元末江浙行省太平路，乙未年1355年6月改为太平府，府治今安徽省当涂县。
池州府
元末浙江省池州路，辛丑年八月改为九华府，寻访改为池州府。
府治现在在安徽池州市。
寧国府
原江浙行省宁国路，丁酉年四月至宁国府，辛丑年四月至宣城府，丙午年正月至宣州府，吴元年四月仍为宁国府。
府治现在在安徽省宣城市。
恵州府
元末江浙行省惠州路，丁酉年七月改名兴安府，吴元年改为惠州府。
府治今安徽歙县。
直隷州：
徐州直隷州
原为德国政府行省。
洪十四年十二月直隶京师，州治今江苏徐州市。
楚州直隷州
原扬州路属州。
明朝隶属扬州府，洪武二十二年二月直隶京师。
州和清流县今治安徽滁州市。
州直隷州
原泸州路属州。
明初隷廬州府、洪武十三年十二月直隷京師。
州与历阳县治在今安徽和县。
广德直隶州。
元末江浙行省广德路，丙申年六月改为广兴府，洪武四年十月，降为广德直隶州。
广兴府、广德州、广德县治均在近安徽广德县。
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